RAFAEL PEÑA MILLER



DATOS GENERALES
Nombre completo   RAFAEL PEÑA MILLER
Máximo nivel de estudios   DOCTORADO
Antigüedad académica en la UNAM   12 años
NOMBRAMIENTOS
Vigente   INVESTIGADOR TITULAR B TC Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 01-10-2023
INVESTIGADOR TITULAR A TC Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 16-10-2021 hasta 30-09-2023
INVESTIGADOR TITULAR A TC No Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 01-07-2017 hasta 15-10-2021
INVESTIGADOR ASOCIADO C TC No Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 16-02-2014 hasta 30-06-2017
ESTIMULOS, PROGRAMAS, PREMIOS Y RECONOCIMIENTOS
* SNI II2022 - VIGENTE
* SNI I2015 - 2021
* PRIDE D2024
* PRIDE C2019 - 2024
* EQUIVALENCIA PRIDE B2014 - 2019
INFORMACIÓN DE PUBLICACIONES
Firmas  
Miller R.P. Pena-Miller R. Pena-Miller, R Pena-Miller, Rafael Peña-Miller R.
ID's SCOPUS  
34880502800 56125794300
ORCID's  
0000-0002-2767-0640
Áreas de conocimiento  
Biology Ecology Evolutionary biology Genetics and heredity Mathematics, interdisciplinary applications
Microbiology Multidisciplinary sciences Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous) Biochemistry Biomedical engineering
Biophysics Biotechnology Chemistry (miscellaneous) Ecology Ecology, evolution, behavior and systematics
Medicine (miscellaneous) Microbiology (medical) Molecular biology Multidisciplinary Physics and astronomy (miscellaneous)
Coautorías con entidades de la UNAM  
  • Centro de Ciencias Genómicas
  • Instituto de Matemáticas
  • Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas
  • Dirección General de Asuntos del Personal Académico
 Revistas en las que ha publicado  (18):
  1. BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY, Estados Unidos America (2012)
  2. ECOLOGY AND EVOLUTION, Estados Unidos America (2022)
  3. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Estados Unidos America (2021)
  4. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Suiza (2021)
  5. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, Suiza (2021)
  6. GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, Reino Unido (2014)
  7. Iet Synthetic Biology, (2007)
  8. JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACE, Reino Unido (2012, 2014, 2019)
  9. MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERING, Estados Unidos America (2010)
  10. Mobile Genetic Elements, (2015)
  11. MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, Estados Unidos America (2017, 2022)
  12. NATURE COMMUNICATIONS, Reino Unido (2014, 2021)
  13. NATURE ECOLOGY & EVOLUTION, Reino Unido (2018)
  14. Plasmid, Estados Unidos America (2021)
  15. PLOS BIOLOGY, Estados Unidos America (2013, 2014, 2015)
  16. PLOS ONE, Estados Unidos America (2010)
  17. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Estados Unidos America (2020, 2023)
  18. Royal Society Open Science, Reino Unido (2022)


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Documentos indexados (WoS y Scopus)

# Título del documento Autores Año Revista Fuente Citas WoS Citas Scopus
1Antimicrobial resistance level and conjugation permissiveness shape plasmid distribution in clinical enterobacteriaCoautor: Peña-Miller R., Valle A.A.-D., Toribio-Celestino L., Quirant A., et al.2023PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICAWoS-id: 001146711200007
Scopus-id: 2-s2.0-85180269641
1619
2Evolutionary History and Strength of Selection Determine the Rate of Antibiotic Resistance AdaptationCoautor: Pena-Miller, Rafael, Cisneros-Mayoral, Sandra, Grana-Miraglia, Lucia, Perez-Morales, Deyanira, et al.2022MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTIONWoS-id: 000860086600002
Scopus-id: 2-s2.0-85139375223
1012
3Segregational instability of multicopy plasmids: A population genetics approachCoautor: Peña-Miller R., Hernandez-Beltran J.C.R., Miro Pina, Veronica, Siri-Jegousse, Arno, et al.2022ECOLOGY AND EVOLUTIONWoS-id: 000897693400001
Scopus-id: 2-s2.0-85145278749
55
4Dynamic proteome allocation regulates the profile of interaction of auxotrophic bacterial consortiaCoautor: Pena-Miller R., Reyes-González D., De Luna-Valenciano H., Utrilla J., et al.2022Royal Society Open ScienceWoS-id: 001133682200006
Scopus-id: 2-s2.0-85130284976
22
5Quantifying plasmid dynamics using single-cell microfluidics and image bioinformaticsCoautor: Peña-Miller R., Hernandez-Beltran J.C.R., Rodríguez-Beltrán J., Millán A.S., et al.2021PlasmidWoS-id: 000611822400004
Scopus-id: 2-s2.0-85086865303
33
6Identification of the Flavobacterium johnsoniae cysteate-fatty acyl transferase required for capnine synthesis and for efficient gliding motility2ᵒ autor: Pena-Miller, Rafael, Vences-Guzman, Miguel Angel, Hidalgo-Aguilar, Nancy Adriana, Vences-Guzman, Maritza Lorena, et al.2021ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGYWoS-id: 000625655500001
Scopus-id: 2-s2.0-85102047316
1010
7Editorial: Facing the Upcoming of Multidrug-Resistant and Extensively Drug-Resistant Bacteria: Novel Antimicrobial Therapies (NATs)Coautor: Pena-Miller, Rafael, Leon-Buitimea, Angel, Morones-Ramirez, Jose Ruben, Yang, Jason H.2021Frontiers in Bioengineering and BiotechnologyWoS-id: 000626462400001
Scopus-id: 2-s2.0-85102354969
66
8Variability of plasmid fitness effects contributes to plasmid persistence in bacterial communitiesCoautor: Peña-Miller R., Alonso-del Valle, Aida, Leon-Sampedro, Ricardo, Rodriguez-Beltran, Jeronimo, et al.2021NATURE COMMUNICATIONSWoS-id: 000658723900001
Scopus-id: 2-s2.0-85105768150
111115
9Mathematical Models of Plasmid Population DynamicsCoautor: Pena-Miller, Rafael, Hernandez-Beltran, Jose Carlos Ramon, San Millan, Alvaro, Fuentes-Hernandez, Ayari2021FRONTIERS IN MICROBIOLOGYWoS-id: 000720049300001
Scopus-id: 2-s2.0-85119444697
2122
10Genetic dominance governs the evolution and spread of mobile genetic elements in bacteriaCoautor: Pena-Miller, Rafael, Rodriguez-Beltran, Jeronimo, Sorum, Vidar, Toll-Riera, Macarena, et al.2020PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICAWoS-id: 000548341000003
Scopus-id: 2-s2.0-85088210368
4851
11Diffusion-driven enhancement of the antibiotic resistance selection windowCoautor: Peña-Miller R., Fuentes-Hernandez, Ayari, Hernandez-Koutoucheva, Anastasia, Muñoz A.F., et al.2019JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACEWoS-id: 000488564000018
Scopus-id: 2-s2.0-85072028037
89
12Multicopy plasmids allow bacteria to escape from fitness trade-offs during evolutionary innovationCoautor: Peña-Miller R., Rodriguez-Beltran J., Hernandez-Beltran J.C.R., DelaFuente J., et al.2018NATURE ECOLOGY & EVOLUTIONWoS-id: 000431613500024
Scopus-id: 2-s2.0-85045115887
5759
13Antibiotic Cycling and Antibiotic Mixing: Which One Best Mitigates Antibiotic Resistance?2ᵒ autor: Pena-Miller, Rafael, Beardmore, Robert Eric, Gori, Fabio, Iredell, Jonathan2017MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTIONWoS-id: 000396762200003
Scopus-id: 2-s2.0-85018979667
4752
14Using a Sequential Regimen to Eliminate Bacteria at Sublethal Antibiotic DosagesCoautor: Pena-Miller R., Fuentes-Hernandez A., Plucain J., Gori F., et al.2015PLOS BIOLOGYWoS-id: 000354824500004
Scopus-id: 2-s2.0-84929493835
6164
15Evaluating the effect of horizontal transmission on the stability of plasmids under different selection regimes1ᵉʳ autor: Peña-Miller R., Rodríguez-González R., Maclean R.C., San Millan A.2015Mobile Genetic ElementsScopus-id: 2-s2.0-85053361660
018
16Testing the optimality properties of a dual antibiotic treatment in a two-locus, two-allele model1ᵉʳ autor: Pena-Miller, R, Fuentes-Hernandez A., Reding C., Gudelj I., et al.2014JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACEWoS-id: 000336159200002
Scopus-id: 2-s2.0-84901468851
78
17Bistable expression of virulence genes in salmonella leads to the formation of an antibiotic-tolerant subpopulationCoautor: Pena-Miller, R, Arnoldini M., Vizcarra I.A., Stocker N., et al.2014PLOS BIOLOGYWoS-id: 000341523000010
Scopus-id: 2-s2.0-84908023311
153157
18Genomics of rapid adaptation to antibiotics: Convergent evolution and scalable sequence amplification2ᵒ autor: Peña-Miller R., Laehnemann D., Rosenstiel P., Beardmore R., et al.2014GENOME BIOLOGY AND EVOLUTIONWoS-id: 000342582600005
Scopus-id: 2-s2.0-84902997865
3538
19Positive selection and compensatory adaptation interact to stabilize non-transmissible plasmids2ᵒ autor: Peña-Miller R., Millan A.S., Toll-Riera M., Halbert Z.V., et al.2014NATURE COMMUNICATIONSWoS-id: 000343982500007
Scopus-id: 2-s2.0-84923368060
167188
20When the Most Potent Combination of Antibiotics Selects for the Greatest Bacterial Load: The Smile-Frown Transition1ᵉʳ autor: Pena-Miller R., Laehnemann D., Jansen G., Fuentes-Hernandez A., et al.2013PLOS BIOLOGYWoS-id: 000318687800018
Scopus-id: 2-s2.0-84876955225
154165
21Selecting Against Antibiotic-Resistant Pathogens: Optimal Treatments in the Presence of Commensal Bacteria1ᵉʳ autor: Peña-Miller R., Lähnemann D., Schulenburg H., Ackermann M., et al.2012BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGYWoS-id: 000301440700006
Scopus-id: 2-s2.0-84857902537
1616
22The optimal deployment of synergistic antibiotics: A control-theoretic approach1ᵉʳ autor: Peña-Miller R., Lähnemann D., Schulenburg H., Ackermann M., et al.2012JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACEWoS-id: 000308240400011
Scopus-id: 2-s2.0-84866257021
1822
23Rotating antibiotics selects optimally against antibiotic resistance, in theory2ᵒ autor y autor de correspondencia: Peña-Miller R., Beardmore R.E.2010MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERINGWoS-id: 000278587100003
Scopus-id: 2-s2.0-77954614742
3133
24Modelling cognitive decline in the hypertension in the very elderly trial [HYVET] and proposed risk tables for population useCoautor: Peña-Miller R., Peters R., Beckett N., Beardmore R., et al.2010PLOS ONEWoS-id: 000280297300010
Scopus-id: 2-s2.0-77955624877
1113
25Antibiotic cycling versus mixing: The difficulty of using mathematical models to definitively quantify their relative merits2ᵒ autor y autor de correspondencia: Peña-Miller R., Beardmore R.E.2010MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERINGWoS-id: 000283346800013
Scopus-id: 2-s2.0-77958033914
2727
26Biological implementation of algorithms and unconventional computingCoautor: Miller R.P., Quiróz J.N.A., Flores R.B., Cisneros T.G.B., et al.2007Iet Synthetic BiologyScopus-id: 2-s2.0-34547735452
00
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# Título del documento ISSN Revista Año Fuente
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Proyectos

# Nombre Participantes Convocatoria Fecha Inicio Fecha Fin
1Biología de Sistemas y Resistencia a Antibióticos: de Células individuales a Comunidades de Bacterias.RAFAEL PEA MILLER,
Presupuesto de la UNAM asignado a la Dependencia01-12-201331-12-2020
2Antibiotic Resistance adaptations in Fluctuating Environments From Single Cells to Bacterial CommunitesRAFAEL PEA MILLER,
Universidades, Centros, Institutos u Organismos Internacionales01-03-201528-02-2019
3Dinámica evolutiva de resistencia a antibióticos mediante plásmidos multicopiaRAFAEL PEA MILLER,
Recursos PAPIIT01-01-201731-12-2018
4Control dinámico de comunidades microbianas sintéticas.RAFAEL PEA MILLER,
Recursos PAPIIT01-01-201931-12-2021
5Plásmidos, variabilidad genética evolución microbiana.RAFAEL PEA MILLER,
Recursos CONAHCyT02-12-201918-10-2023
6Memoria y ruido en la regulación de respuesta al estrés en bacteriasRAFAEL PEA MILLER,
Recursos PAPIIT01-01-202231-12-2024
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Participación en Comités de Tesis

# Título del documento Tipo de Tesis Sinodales Autores Año Entidad Url
1Regulación de los genes pdu y eut por los sistemas BarA/SirA y Csr en Salmonella TyphimuriumTesis de DoctoradoALFREDO MARTINEZ JIMENEZ; VICTOR HUMBERTO BUSTAMANTE SANTILLAN; RAFAEL PEÑA MILLER; Nava Galeana, Jessica; 2023Centro de Ciencias Genómicas, Instituto de Biotecnología,
2Modelación computacional metabólica de la microbiota intestinal relacionada a diabetes tipo 2Tesis de MaestríaRAFAEL PEÑA MILLER; OSBALDO RESENDIS ANTONIO; Sánchez Castañeda, Jean Paul; 2022Centro de Ciencias Genómicas, Consejo Técnico y Coordinación de la Investigación Científica,
3Evolución de resistencia a antibióticos en ambientes con estructura espacio-temporalTesis de DoctoradoAYARI FUENTES HERNANDEZ; RAFAEL PEÑA MILLER; Mayoral Álvarez, Sandra Guadalupe; 2022Centro de Ciencias Genómicas,
4Caracterización de la variabilidad temporal de la respuesta SOS en células individuales de Escherichia coli en presencia de antibióticos beta-lactámicosTesis de MaestríaRAFAEL PEÑA MILLER; Aguilar Luviano, Oscar Bruno; 2020Centro de Ciencias Genómicas,
5Efecto de la variabilidad fenotípica en la dinámica evolutiva de resistencia a antibióticosTesis de DoctoradoRAFAEL PEÑA MILLER; Hernández Beltrán, José Carlos Ramón; 2020Centro de Ciencias Genómicas,
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Docencia Impartida

# Entidad Nivel Asignatura Año Semestre Alumnos
1Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaGENOMICA INTEGRATIVA 120202021-11
2Facultad de QuímicaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20202021-11
3Facultad de QuímicaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20202020-21
4Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20192020-11
5Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaMATEMATICAS 120192020-126
6Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20192019-21
7Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACIÓN III20192019-21
8Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20192019-21
9Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20182019-11
10Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 120182019-12
11Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 220182019-12
12Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 320182019-12
13Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 120182019-12
14Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 220182019-12
15Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 120182019-12
16Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACIÓN II20182019-11
17Facultad de QuímicaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION III20182018-21
18Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION I20182018-21
19Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACION III20172018-11
20Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION III20172018-11
21Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 120172018-11
22Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 220172018-11
23Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 320172018-11
24Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 120172018-11
25Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 220172018-11
26Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 120172018-11
27Facultad de QuímicaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20172018-11
28Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACIÓN II20172017-21
29Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20172017-21
30Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION I20162017-11
31Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaFRONTERAS DE LA GENOMICA 420162016-215
32Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaFRONTERAS DE LA GENOMICA 420152015-217
33Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 420152015-21
34Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 520152015-21
35Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 620152015-21
36Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 320152015-21
37Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 420152015-21
38Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 220152015-21
39Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 120142015-11
40Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 220142015-11
41Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 320142015-11
42Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 120142015-11
43Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 220142015-11
44Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 120142015-11
45Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaMODELOS GENOMICOS20142015-116
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