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SELECT Institucion FROM PublicObrasAutoresFil WHERE RefPublicacion = 633839 AND InstitucionPropia = 'S' UNION SELECT Adscripciones.Entidad FROM PublicacionesObras JOIN PublicObrasAutores ON PublicacionesObras.Identificador = PublicObrasAutores.RefPublicacion JOIN Adscripciones ON PublicObrasAutores.NumeroEmpleado = Adscripciones.NumeroEmpleado WHERE (PublicacionesObras.FechaPublicacion BETWEEN Adscripciones.FechaDesde AND Adscripciones.FechaHasta OR (PublicacionesObras.FechaPublicacion >= Adscripciones.FechaDesde AND Adscripciones.FechaHasta IS NULL)) AND PublicacionesObras.Identificador= 633839

Título del libro: 2013 Ieee Congress On Evolutionary Computation, Cec 2013
Título del capítulo: DNA fragment assembly using optimization

Autores UNAM:
GUILLERMO FERNANDEZ ANAYA;

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Autores externos:

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Idioma:
Inglés

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Año de publicación:
2013

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Palabras clave:

Assembly problems; Complete genomes; Differential Evolution; DNA fragment assemblies; Fragment assembly; Nature inspired algorithms; Scaling-up; Staphylococcus aureus; Bacteria; DNA; Particle swarm optimization (PSO); Traveling salesman problem; Algorithms

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Resumen:

The DNA fragment assembly is an important phase required to obtain complete genomes. Optimization using nature inspired algorithms has been proposed by several authors. We present another nature inspired algorithm based on Particle Swarm Optimization and Differential Evolution. These algorithms are compared using a set of common benchmarks and showing some advantages in our proposed algorithm. We also applied the Traveling Salesman Problem (TSP) with better results than the nature inspired algorithms as we could obtain the true optima for 16 commonly used benchmarks for the first time to the best of our knowledge. The benchmarks are much smaller than the real organism assembly problems and scaling up from the benchmarks to real organisms presents important challenges. We propose a way to solve the scale up problems and test them using the Staphylococcus aureus COL Main Chromosome with the TSP approach. © 2013 IEEE.

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Entidades citadas de la UNAM:

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Fuente:


ISBN:
9781479904549
Editorial:
IEEE

Tipo de producto:
Conference Paper

DOI:
10.1109/CEC.2013.6557749