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SELECT PublicObrasAutores.NumeroEmpleado, PublicObrasAutores.ApellidoPaterno, PublicObrasAutores.ApellidoMaterno, PublicObrasAutores.Nombre, PublicObrasAutores.NombreCompleto FROM PublicObrasAutores LEFT JOIN PublicObrasAutoresFil ON PublicObrasAutores.RefPublicacion = PublicObrasAutoresFil.RefPublicacion WHERE PublicObrasAutores.RefPublicacion = '695622' AND PublicObrasAutores.NumeroEmpleado IS NULL AND PublicObrasAutoresFil.CodigoInstitucion IS NOT NULL;

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SELECT Institucion FROM PublicObrasAutoresFil WHERE RefPublicacion = 695622 AND InstitucionPropia = 'S' UNION SELECT Adscripciones.Entidad FROM PublicacionesObras JOIN PublicObrasAutores ON PublicacionesObras.Identificador = PublicObrasAutores.RefPublicacion JOIN Adscripciones ON PublicObrasAutores.NumeroEmpleado = Adscripciones.NumeroEmpleado WHERE (PublicacionesObras.FechaPublicacion BETWEEN Adscripciones.FechaDesde AND Adscripciones.FechaHasta OR (PublicacionesObras.FechaPublicacion >= Adscripciones.FechaDesde AND Adscripciones.FechaHasta IS NULL)) AND PublicacionesObras.Identificador= 695622

Título del libro: Rigor And Reproducibility In Genetics And Genomics: Peer-Reviewed, Published, Cited
Título del capítulo: Review of gene expression using microarray and RNA-seq

Autores UNAM:
YALBI ITZEL BALDERAS MARTINEZ; ALEJANDRA EUGENIA MEDINA RIVERA;

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Autores externos:

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Idioma:

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Año de publicación:
2023

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Palabras clave:

Alternative splicing; Expression quantitative trait loci; Gene expression profiling; Long-read sequencing; microarray; Next-generation sequencing; Public sequencing database; Single-cell seq; Transcriptome; Transcriptomics

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Resumen:

In this chapter, we review the history of high-throughput technologies to measure gene expression, and we describe basic approaches to analyze transcriptome data, together with tool recommendations. We also discuss two major applications of transcriptome data analysis: Differential expression and eQTL identification. As experimental design can greatly impact the results and analysis we can obtain, we discuss some points that should be taken into account. Moreover, as thousands of data sets have been produced throughout the years, we also describe and discuss public databases and resources to take advantage of them. As reproducibility is critical in bioinformatics, we discuss this concept and suggest steps to increase reproducibility and replicability, including code availability for analysis replication. © 2024 Elsevier Inc. All rights reserved.

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Entidades citadas de la UNAM:

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Fuente:


ISBN:
9780128172186
Editorial:
Elsevier

Tipo de producto:
Book chapter

DOI:
10.1016/B978-0-12-817218-6.00008-5