La presente invención brinda un método y aparato de detección de ácidos nucléicos mediante el uso de la reflexión interna total de fluorescencia guiada por luz angulada para la realización de diagnósticos asociados a la detección de ácidos nucléicos, el cual refiere a los equipos que trabajan con sondas de oligonucleótidos (faros moleculares) mediante el uso de la fluorescencia interna total y fluorescencia interna total guiada por luz angulada, implementando faros moleculares impresos en microarreglos los cuales proporcionan información sobre el porcentaje de complementariedad entre los faros moleculares y una secuencia de ácidos nucléicos, basado en las cinéticas de asociación y disociación de la muestra en tiempo real así como la ventaja de no marcar la muestra directamente pudiendo utilizarse sin purificaciones ni procesamientos complejos.