La presente invención se refiere a un método para la detección rápida del virus de la influenza H1N1 en muestras biológicas caracterizado porque está basado en la producción y uso de faros moleculares específicos sobre microarreglos, en donde dicho método no requiere de pasos de calentamiento y amplificación y se realiza con equipos portátiles de fluorescencia de bajo costo que pueden ser transportados a lugares de concentración masiva, en donde dicho métodos comprenden las etapas de: 1.1 Determinar el subtipo viral del virus mediante pruebas rápidas de laboratorio, 1.2 Producir los faros moleculares con las secuencias específicas para la identificación de genoma de virus de influenza, 1.3 Proporcionar un grupo de secuencias específicas para identificar al virus de la influenza y sus subtipos, 1.4 Producir un microarreglo que tenga impreso a las secuencias llamado influenza chip, para identificar al virus de la influenza y sus subtipos, 1.5 Utilizar un sistema de fluorescencia que permite leer el influenza chip, 1.6 Diseñar estructura de pasador de baja afinidad, las cuales se asocian a su secuencia blanco a temperatura ambiente.