La presente invención se refiere a una cepa mutante de Paracoccus denitrificans que presenta una mayor actividad o metabolismo desnitrificante, proporcionándole mayores velocidades de consumo de NO3 y NO2 con el uso de una menor cantidad de biomasa bacteriana para la remoción efectiva de dichos compuestos nitrogenados que son contaminantes residuales en aguas tratadas y en algunos alimentos, donde dicha mayor actividad desnitrificante se obtiene removiendo totalmente el gen de la subunidad ? como inhibidor de la F1FO-ATPasa, llevándose a cabo la desnitrificación por Paracoccus denitrificans en condiciones anaeróbicas.