JULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ



DATOS GENERALES
Nombre completo   JULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ
Máximo nivel de estudios   DOCTORADO
Antigüedad académica en la UNAM   13 años
NOMBRAMIENTOS
Vigente   INVESTIGADOR TITULAR A TC No Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 01-03-2019
INVESTIGADOR ASOCIADO C TC No Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 01-12-2012 hasta 28-02-2019
ESTIMULOS, PROGRAMAS, PREMIOS Y RECONOCIMIENTOS
* SNI I2022 - 2025
* SNI I2015 - 2020
* SNI C2013 - 2014
* PRIDE C2018 - 2024
* EQUIVALENCIA PRIDE B2014 - 2017
INFORMACIÓN DE PUBLICACIONES
Firmas  
Freyre-González J.A. Freyre-Gonzalez, JA Freyre-Gonzalez, Julio A.
ID's SCOPUS  
16635755000
ORCID's  
0000-0001-7061-7637
Áreas de conocimiento  
Biochemical research methods Biochemistry and molecular biology Biotechnology & applied microbiology Biotechnology and applied microbiology Engineering, multidisciplinary
Genetics & heredity Genetics and heredity Mathematical and computational biology Microbiology Multidisciplinary sciences
Agricultural and biological sciences (miscellaneous) Applied Microbiology and Biotechnology Biochemistry Biomedical engineering Biophysics
Biotechnology Ecology, Evolution, Behavior and Systematics Engineering (miscellaneous) Genetics Genetics (clinical)
Information systems Medicine (miscellaneous) Microbiology Microbiology (medical) Modeling and Simulation
Multidisciplinary
Coautorías con entidades de la UNAM  
  • Centro de Ciencias Genómicas
  • Instituto de Biotecnología
 Revistas en las que ha publicado  (19):
  1. APPLIED SCIENCES-BASEL, Suiza (2021)
  2. Biochemistry and Cell Biology, Canada (2015)
  3. BMC MICROBIOLOGY, Reino Unido (2007, 2009)
  4. BMC SYSTEMS BIOLOGY, Reino Unido (2013)
  5. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, Reino Unido (2025)
  6. Computational and Structural Biotechnology Journal, Suecia (2020)
  7. CURRENT GENOMICS, (2013)
  8. DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION, Reino Unido (2016)
  9. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Suiza (2022)
  10. Frontiers in Genetics, Suiza (2023)
  11. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, Suiza (2022)
  12. GENOME BIOLOGY, Reino Unido (2008)
  13. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, Países Bajos (2012, 2017)
  14. JOURNAL OF MICROBIOLOGY, (2011)
  15. Microorganisms, Suiza (2021)
  16. MOLECULAR BIOSYSTEMS, Reino Unido (2015)
  17. PEERJ, Reino Unido (2022)
  18. SCIENTIFIC REPORTS, Reino Unido (2019, 2022)
  19. TRENDS IN GENETICS, Países Bajos (2005)


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Documentos indexados (WoS y Scopus)

# Título del documento Autores Año Revista Fuente Citas WoS Citas Scopus
1How far are we from the era of big data in transcriptomics? Lessons from the bacterial data in GEOCoautor: Freyre-González, JA, Escobedo-Muñoz, AS, Carmona-Campos, D, Trapaga, AGG2025BRIEFINGS IN BIOINFORMATICSWoS-id: 001600016500001
Scopus-id: 2-s2.0-105019728064
00
2Improving gene regulatory network inference and assessment: The importance of using network structureCoautor: Freyre-Gonzalez, Julio A., Escorcia-Rodriguez, Juan M., Gaytan-Nunez, Estefani, Hernandez-Benitez, Ericka M., et al.2023Frontiers in GeneticsWoS-id: 000950038500001
Scopus-id: 2-s2.0-85152770470
1414
3Curation, inference, and assessment of a globally reconstructed gene regulatory network for Streptomyces coelicolorCoautor: Freyre-González J.A., Zorro-Aranda, Andrea, Escorcia-Rodríguez J.M., González-Kise J.K.2022SCIENTIFIC REPORTSWoS-id: 000757901500006
Scopus-id: 2-s2.0-85124926051
910
4System Principles Governing the Organization, Architecture, Dynamics, and Evolution of Gene Regulatory Networks1ᵉʳ autor: Freyre-Gonzalez, Julio A., Escorcia-Rodriguez, Juan M., Gutierrez-Mondragon, Luis F., Marti-Vertiz, Jeronimo, et al.2022Frontiers in Bioengineering and BiotechnologyWoS-id: 000803647800001
Scopus-id: 2-s2.0-85131216586
65
5Non-synonymous to synonymous substitutions suggest that orthologs tend to keep their functions, while paralogs are a source of functional noveltyCoautor: Freyre-Gonzalez, Julio A., Escorcia-Rodriguez, Juan M., Esposito, Mario, Moreno-Hagelsieb, Gabriel2022PEERJWoS-id: 000854101800002
Scopus-id: 2-s2.0-85138998620
55
6Rhizobium etli CFN42 proteomes showed isoenzymes in free-living and symbiosis with a different transcriptional regulation inferred from a transcriptional regulatory networkCoautor: Freyre-González J.A., Taboada-Castro, Hermenegildo, Gil, Jeovanis, Gomez-Caudillo, Leopoldo, et al.2022FRONTIERS IN MICROBIOLOGYWoS-id: 000876798800001
Scopus-id: 2-s2.0-85140838031
33
7Partition Quantitative Assessment (PQA): A Quantitative Methodology to Assess the Embedded Noise in Clustered Omics and Systems Biology DataCoautor: Freyre-Gonzalez, Julio A., Camacho-Hernandez, Diego A., Nieto-Caballero, Victor E., Leon-Burguete, Jose E.2021APPLIED SCIENCES-BASELWoS-id: 000670689800001
Scopus-id: 2-s2.0-85109399713
00
8Corynebacterium glutamicum Regulation beyond Transcription: Organizing Principles and Reconstruction of an Extended Regulatory Network Incorporating Regulations Mediated by Small RNA and Protein-Protein InteractionsCoautor y autor de correspondencia: Freyre-Gonzalez, Julio A., Escorcia-Rodriguez, Juan M., Tauch, Andreas2021MicroorganismsWoS-id: 000676590000001
Scopus-id: 2-s2.0-85108678040
66
9Abasy Atlas v2.2: The most comprehensive and up-to-date inventory of meta-curated, historical, bacterial regulatory networks, their completeness and system-level characterizationCoautor y autor de correspondencia: Freyre-González J.A., Escorcia-Rodríguez J.M., Tauch A.2020Computational and Structural Biotechnology JournalWoS-id: 000607729400022
Scopus-id: 2-s2.0-85085910872
1317
10Evolutionary constraints on the complexity of genetic regulatory networks allow predictions of the total number of genetic interactions2ᵒ autor y autor de correspondencia: Freyre-Gonzalez, Julio A., Campos, Adrian I.2019SCIENTIFIC REPORTSWoS-id: 000460391500001
Scopus-id: 2-s2.0-85062607467
66
11Functional architecture and global properties of the Corynebacterium glutamicum regulatory network: Novel insights from a dataset with a high genomic coverage1ᵉʳ autor: Freyre-Gonzalez, Julio A., Tauch, Andreas2017JOURNAL OF BIOTECHNOLOGYWoS-id: 000408021800025
Scopus-id: 2-s2.0-85027883807
1010
12Abasy Atlas: a comprehensive inventory of systems, global network properties and systems-level elements across bacteriaCoautor: Freyre-Gonzalez, Julio A., Ibarra-Arellano, Miguel A., Campos-Gonzalez, Adrian I., Trevino-Quintanilla, Luis G., et al.2016DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATIONWoS-id: 000377066800001
Scopus-id: 2-s2.0-85020321215
1315
13Mathematical modeling of the apo and holo transcriptional regulation in Escherichia coli2ᵒ autor: Freyre-González J.A., Alvarez-Vasquez F.J., Balderas-Martínez Y.I., Delgado-Carrillo M.I., et al.2015MOLECULAR BIOSYSTEMSWoS-id: 000351493300002
Scopus-id: 2-s2.0-84924953665
11
14Calcitriol increases Dicer expression and modifies the microRNAs signature in SiHa cervical cancer cellsCoautor: Freyre-González J.A., González-Duarte R.J., Cázares-Ordoñez V., Romero-Córdoba S., et al.2015Biochemistry and Cell BiologyWoS-id: 000358454000013
Scopus-id: 2-s2.0-84937923560
2227
15Anti-sigma factors in E. coli: Common regulatory mechanisms controlling sigma factors availability2ᵒ autor: Freyre-González J.A., Trevino-Quintanilla, LG, Martínez-Flores I.2013CURRENT GENOMICSWoS-id: 000325102200006
Scopus-id: 2-s2.0-84888090313
2122
16Lessons from the modular organization of the transcriptional regulatory network of Bacillus subtilis1ᵉʳ autor: Freyre-Gonzalez, JA, Manjarrez-Casas, AM, Merino, E, Martinez-Nunez, M, et al.2013BMC SYSTEMS BIOLOGYWoS-id: 000329781200001
Scopus-id: 2-s2.0-84887535856
2524
17Prokaryotic regulatory systems biology: Common principles governing the functional architectures of Bacillus subtilis and Escherichia coli unveiled by the natural decomposition approach1ᵉʳ autor: Freyre-González J.A., Trevino-Quintanilla, LG, Valtierra-Gutiérrez I.A., Gutiérrez-Ríos R.M., et al.2012JOURNAL OF BIOTECHNOLOGYWoS-id: 000308354100014
Scopus-id: 2-s2.0-84864535645
1616
18Molecular characterization of chloranilic acid degradation in Pseudomonas putida TQ072ᵒ autor: Freyre-González J.A., Trevino-Quintanilla, LG, Guillén-Garcés R.A., Olvera C.2011JOURNAL OF MICROBIOLOGYWoS-id: 000298602600014
Scopus-id: 2-s2.0-84555171077
22
19Identification of network topological units coordinating the global expression response to glucose in Bacillus subtilis and its comparison to Escherichia coli2ᵒ autor: Freyre-Gonzalez, JA, Vazquez, CD, Gosset, G, Loza, JA, et al.2009BMC MICROBIOLOGYWoS-id: 000270510700001
Scopus-id: 2-s2.0-70349673425
77
20Functional architecture of Escherichia coli: new insights provided by a natural decomposition approach1ᵉʳ autor: Freyre-Gonzalez, JA, Alonso-Pavon, JA, Trevino-Quintanilla, LG, Collado-Vides, J2008GENOME BIOLOGYWoS-id: 000260587300016
Scopus-id: 2-s2.0-57049166435
3842
21Identification of regulatory network topological units coordinating the genome-wide transcriptional response to glucose in Escherichia coli2ᵒ autor: Freyre-Gonzalez J.A., Gutierrez-Ríos R.M., Resendis O., Collado-Vides J., et al.2007BMC MICROBIOLOGYWoS-id: 000247696500001
Scopus-id: 2-s2.0-34347396784
6161
22Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli2ᵒ autor: Freyre-González J.A., Resendis-Antonio O., Menchaca-Méndez R., Gutiérrez-Ríos R.M., et al.2005TRENDS IN GENETICSWoS-id: 000226485800005
Scopus-id: 2-s2.0-13144283679
8083
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Documentos no indexados (Humanindex)

# Título del documento ISSN Revista Año Fuente
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Proyectos

# Nombre Participantes Convocatoria Fecha Inicio Fecha Fin
1Principios que gobiernan la biología de sistemas regulatorios en procariotes robustez y generalidad del enfoque de descomposición natural.JULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ,
Presupuesto de la UNAM asignado a la Dependencia01-09-201231-12-2020
2Hacia una biología de sistemas comparativa: Reconstrucción a gran escala de redes de regulación bacterianas, predicción de sus sistemas y componentes a nivel de sistemas y estudio de la dinámica evolutiva de su circuitería.JULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ,
Recursos PAPIIT01-01-201831-12-2020
3Principios gobernando la arquitectura funcional de redes de regulación bacterianas: evolución, estabilidad dinámica y consistencia con datos de expresiónJULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ,
Recursos PAPIIT01-01-202131-12-2023
4Arquitectura funcional de redes de regulación: Paisaje organizacional, predicción, evolución y consistencia con datos de expresiónJULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ,
Recursos PAPIIT01-01-202431-12-2026
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Participación en Comités de Tesis

# Título del documento Tipo de Tesis Sinodales Autores Año Entidad Url
1Predicción y análisis estructural de redes de regulación en bacterias a través de la integración ómica para una biología de sistemas comparativaTesis de DoctoradoGUILLERMO GOSSET LAGARDA; ENRIQUE MERINO PEREZ; JULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ; Escorcia Rodríguez, Juan Miguel; 2023Centro de Ciencias Genómicas, Instituto de Biotecnología,
2Exploración de las propiedades que delimitan el paisaje organizacional de redes de regulación en bacteriasTesis de LicenciaturaJULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ; Cruz Maldonado, Carlos Roberto; 2017Centro de Ciencias Genómicas,
3Evaulando la universalidad y la robustez del enfoque de descomposición natural en un amplio repertorio de bacteriasTesis de LicenciaturaJULIO AUGUSTO FREYRE GONZALEZ; Ibarra Arellano, Miguel Ángel; 2015Centro de Ciencias Genómicas,
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Docencia Impartida

# Entidad Nivel Asignatura Año Semestre Alumnos
1Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20252025-216
2Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20242025-118
3Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20242024-218
4Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20232024-118
5Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20232023-28
6Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaAPLICACIONES DE LA GENOMICA 420232023-21
7Instituto de BiotecnologíaMaestríaCURSO III PRINCIPIOS DE PROGRAMACIÓN20222023-11
8Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20222023-18
9Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20222022-212
10Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaGENOMICA INTEGRATIVA 420222022-24
11Facultad de QuímicaMaestríaCURSO IV20212022-11
12Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaAPLICACIONES DE LA GENOMICA 220212022-15
13Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaGENOMICA INTEGRATIVA 220212022-15
14Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20212022-112
15Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20212021-216
16Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaGENOMICA INTEGRATIVA 120202021-12
17Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20202021-112
18ESCUELA NACIONAL DE ESTUDIOS SUPERIORES, UNIDAD JURIQUILLA, QRTO.LicenciaturaCOMPUTACION20202020-214
19Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20202020-228
20Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 120192020-11
21Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 220192020-11
22Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 120192020-11
23ESCUELA NACIONAL DE ESTUDIOS SUPERIORES, UNIDAD JURIQUILLA, QRTO.LicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20192020-114
24Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20192020-126
25Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20192019-223
26ESCUELA NACIONAL DE ESTUDIOS SUPERIORES, UNIDAD JURIQUILLA, QRTO.LicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20182019-19
27Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20182019-123
28Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20182018-224
29Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20172018-124
30Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20172017-217
31Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20162017-118
32Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20162016-218
33Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20152016-119
34Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 420152015-21
35Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 220152015-21
36Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 420152015-21
37Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 520152015-21
38Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 620152015-21
39Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 320152015-21
40Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20152015-222
41Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 120142015-11
42Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 220142015-11
43Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 320142015-11
44Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 120142015-11
45Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 220142015-11
46Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 120142015-11
47Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20142015-125
48Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20142014-218
49Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaGENOMICA FUNCIONAL 220142014-217
50Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20132014-118
51Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20132013-219
52Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaGENOMICA FUNCIONAL 220132013-221
53Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20122013-120
54Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20122012-222
55Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaGENOMICA FUNCIONAL 220122012-222
56Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20112012-121
57Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20112011-223
58Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 220112011-22
59Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 420112011-22
60Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 320112011-22
61Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 620112011-22
62Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 520112011-22
63Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 420112011-22
64Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20102011-124
65Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 220102011-12
66Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 120102011-12
67Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 120102011-12
68Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 220102011-12
69Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 120102011-12
70Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 320102011-12
71Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20102010-220
72Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20092010-121
73Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION20092009-221
74Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaAREA DE CONCETRACION II20082009-11
75Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20082009-121
76Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION I20082008-228
77Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaCOMPUTACION I20082008-235
78Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaAREA DE CONCENTRACION I20082008-21
79Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaPRINCIPIOS DE PROGRAMACION20072008-129
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